ياكوبوس الثاني أو يعقوب الثاني (1908 – 22 مارس 1956)، هو مطران قبطي أرثوذكسي مصري، تولّى رئاسة الكرسي الأورشليمي والشرق الأدنى للأقباط الأرثوذكس في الفترة من 1946 حتى وفاته سنة 1956، وكان التاسع عشر في ترتيب مطارنة القدس.
رُسم مطراناً للقدس على يد البابا يوساب الثاني بابا الإسكندرية في الأول من سبتمبر 1946. اتّسمت فترة ولايته بنشاط عمراني وتعليمي واسع في فلسطين، إذ أنشأ عدداً من الكنائس والأديرة والمؤسسات التعليمية القبطية في القدس والناصرة ورفح وبيت لحم وعلى ضفاف نهر الأردن. توفي في حادث قطار وهو في طريقه إلى صعيد مصر.