وكالة الطاقة الذرية اليابانية باللغة اليابانية (機構 原子 力 研究 開 発 発 機構 Nihon genshiryoku kenkyū kaihatsu kikō، JAEA) هي مؤسسة إدارية مستقلة تشكلت في 1 أكتوبر 2005 من خلال دمج منظمتين شبه دوليتين سابقتين.
في 10 أبريل 2007 انضمت رسميا إلى تحالف مجموعة واشنطن الدولية، ومن المتوقع أن تكون الخبرة المكتسبة في مصنع التخصيب للطرد المركزي في روكاسو مساهمة من التحالف.
في 1 أبريل 2016 نقلت وكالة الطاقة الذرية اليابانية بعض مختبراتها إلى المعهد الوطني للعلوم الإشعاعية.