في أواخر يونيو 2019 تعرض الباجي قائد السبسي لوعكة صحية وتم نقله إلى العناية المركزة بالمستشفى العسكري بالعاصمة التونسية، وفي صباح اليوم الخميس 25 يوليو/جويلية 2019 في تمام الساعة العاشرة و25 دقيقة أعلنت الرئاسة التونسية عن وفاة رئيس الجمهورية محمد الباجي قايد السبسي بتونس العاصمة، عن عمر يناهز 92 عاماً.
بعد عام ونصف من وفاة الباجي قايد السبسي أذنت وزيرة العدل التونسية في 28 ديسمبر 2021 بفتح تحقيق في ملابسات وفاته.