في علم الأحياء البنيوي، وحدات بروتين فرعية هو جزيء بروتين واحد يجمع (أو "coaxembles") مع جزيئات بروتينية أخرى لتشكيل مركب بروتيني. تحتوي بعض البروتينات التي تحدث بشكل طبيعي على عدد قليل نسبيًا من الوحدات الفرعية، وبالتالي توصف بأنها قليلة القسيمات، على سبيل المثال الهيموغلوبين أو بوليميراز الحمض النووي. قد تتكون أخرى من عدد كبير جدا من وحدات فرعية، وبالتالي وصفها بأنها متعددة، على سبيل المثال الأنبوب الدقيق وغيرها من بروتينات الهيكل الخلوي. قد تكون الوحدات الفرعية لبروتين متعدد متماثلة أو متشابهة أو متشابهة تمامًا ومخصصة للمهام المتباينة.
في بعض تراكيب البروتينات، يمكن أن تكون وحدة فرعية واحدة «وحدة فرعية تحفيزية» تحفز بشكل إنزيمي على التفاعل، في حين أن «الوحدة الفرعية التنظيمية» سوف تسهل أو تمنع النشاط. على الرغم من أن الإنزيم تيلوميراز يحتوي على الإنزيم تيلوميراز العكسي باعتباره وحدة فرعية محفزة، إلا أن التنظيم يتم بواسطة عوامل خارج البروتين. عادة ما يشار إلى الإنزيم الذي يتكون من كل من الوحدات التنظيمية والحفرية عند تجميعه على أنه إنزيم. على سبيل المثال، يتكون الصنف الأول فوسفوينوسيتيد 3 كيناز من الوحدة الفرعية الحفازة p110 والوحدة التنظيمية الفرعية p85. وحدة فرعية واحدة مصنوعة من سلسلة بولي ببتيد واحدة. تمتلك سلسلة بولي ببتيد ترميزًا جينيًا واحدًا لها - مما يعني أن البروتين يجب أن يكون له جين واحد لكل وحدة فرعية فريدة. غالباً ما يتم تسمية الوحدة الفرعية بحرف يوناني أو روماني، ويشار إلى أرقام هذا النوع من الوحدات الفرعية في البروتين برمز مخطوط. على سبيل المثال، لدى أيه تي بي سينثاز نوع من الوحدة الفرعية تسمى α. ثلاثة من هذه موجودة في جزيء أيه تي بي سينثاز، وبالتالي يتم تعيين α3. يمكن للمجموعات الأكبر من الوحدات الفرعية ان تكون محددة، مثل α3β3-hexamer و c-ring.