وادي مرقس أو وادي مرقص هو أحد أودية الجبل الأخضر في شمال شرق ليبيا، ويقع ضمن الشريط الساحلي بين منطقتي رأس الهلال ولاثرون غرب مدينة درنة. يبلغ طول الوادي نحو 8 كيلومترات، ويتميّز بغطائه النباتي الكثيف ووجود عدد من الينابيع الطبيعية والمعالم الأثرية المنحوتة في الصخور.
يرتبط الوادي في بعض الروايات المحلية والدراسات الليبية باسم القديس مرقس الإنجيلي، غير أن هذا الارتباط لا يزال بحاجة إلى مزيد من الدراسات الأثرية والتاريخية المتخصصة. ويضم الوادي عدداً من المواقع المنحوتة في الجروف الصخرية، منها كهف مرقس، وكهف الصوف، ومعمودية أم الناموس.