الهيدروجين ثلاثي الذرة H3 عبارة عن جزيء ثلاثي الذرة غير مستقر، يتألف من ثلاث ذرات هيدروجين، وبذلك يعد من أبسط الجزيئات ثلاثيّة الذرة. عدم استقرار هذا الجزيء برهن رياضياً عن طريق حساب الطاقة بالمحاكاة باستخدام الحواسيب؛ وعملياً فإن جزيء الهيدروجين ثلاثي الذرة يدوم فقط دون واحد على المليون من الثانية. ينشأ هذا الجزيء ثم يتفكك بسرعة في الكون كنتيجة لوجود كاتيون ثلاثي الهيدروجين بكميات كبيرة.
هذا الجزيء H3 يصدر طيف أشعة تحت الحمراء عندما يُثار نتيجة لاهتزازه ودورانة، وطيفه هذا مشابه لطيف الأيون H3+. وفي بدأ نشأة الكون كانت تلك الخاصية لإصدار أشعة تحت الحمراء هي التي سمحت بأن يبرد غاز الهيدروجين والهيليوم الأولي ويتكاثف مكونا النجوم الأولى.