هندسة أنظمة المشاريع التجارية أو هندسة أنظمة المؤسسات أو هندسة نُظُم المشاريع أو هندسة النظم المؤسساتية، هو المجال الذي يطبق هندسة الأنظمة على تصميم المؤسسة. كمجال، فإنه يتضمن مجموعة من المعارف والمبادئ والعمليات الموضوعة لتصميم أنظمة المشاريع أو المؤسسات. تعرَف المؤسسة على أنها نظام اجتماعي تقني معقد يتكون من موارد مترابطة وهي الأشخاص والمعلومات والتكنولوجيا التي يجب أن تتفاعل مع بعضها لتحقيق مهمة مشتركة.
ينجز هذا النظام جميع مهام هندسة النُظم «التقليدية»، مستندًا كذلك على نظرة موسعة لسياق المحتوى السياسي والتشغيلي والاقتصادي والتكنولوجي (بّي أو إي تي)، الذي طورت النظم وحُصل عليها وعُدلت وجرت صيانتها، أو التخلص منها، بناءً عليه.
قد تكون هندسة نُظم المؤسسة مطلوبة عند مواجهة تعقيدات تحطم الافتراضات التي تستند إليها هندسة الأنظمة في الكتب الدراسية، مثل أن تكون المتطلبات مستقرةً نسبيًا ومفهومةً جيدًا، وتكوين نظام يمكن التحكم فيه، ووجود مجموعة صغيرة يسهل تمييزها من أصحاب المصلحة.
يجب أن تنتج المؤسسة نوعًا مختلفًا من التحليل على الأشخاص والتكنولوجيا ومكونات الشركة من أجل رؤية الصورة الكاملة للمؤسسة. كما هو الحال في الوقت الحاضر، تصبح المؤسسة أكثر تعقيدًا مع وجود المزيد من المشكلات والناس للتعامل معهم، فمن المهم دمج النظام للوصول إلى مستوى أعلى للأعمال التجارية.