هانتارو ناغاوكا (19 أغسطس 1865 - 11 ديسمبر 1950) هو فيزيائي ياباني ورائد الفيزياء اليابانية في فترة مييجي.
ولد ناغاوكا في مدينة ناغاساكي ودرس في جامعة طوكيو ثم تخرج بدرجة في الفيزياء عام 1887، سافر ناغاوكا إلى أوروبا ليكمل تعليمه في جامعة برلين في ميونخ وفيينا حيث درس على يد علماء مثل جيمس كليرك ماكسويل ولودفيغ بولتزمان، عاد ناغاوكا إلى اليابان في عام 1901 ودرّس في جامعة طوكيو كبروفيسور في الفيزياء، وعقب تقاعده من التدريس عين رئيس للعلماء في ريكن وكان أيضًا أول رئيس لجامعة أوساكا من عام 1931 حتى 1934.