نهر ساو فرانسيسكو (تلفظ برتغالي: /sɐ̃w fɾɐ̃ˈsiʃku/) هو نهر موجود في البرازيل. ومن خلال طوله البالغ 2,914 كيلومتر (1,811 ميل)، فإنه أطول نهر يجري بالكامل في مناطق برازيلية، ورابع أطول نهر في أمريكا الجنوبية وفي مختلف أرجاء البرازيل (بعد الأمازون وبارانا وماديرا). وقد اشتهر باسم أوبارا (Opara) من خلال الأشخاص الأصليين قبل الاستعمار، وما زال يشتهر باللقب المثير فيلهو شيكو (Velho Chico) («فرانك القديم»).
وينبع ساو فرانسيسكو من سلسلة جبال كاناسترا في الجزء الغربي الأوسط من ولاية ميناس غيرايس. وهو يجري بشكل عام نحو الشمال في ولايات ميناس غيرايس وباهيا، خلف سلسلة الجبال الساحلية، حيث يجري خلال منطقة يزيد طولها عن 630,000 كيلومتر مربع (240,000 ميل2)، قبل التوجه نحو الشرق ليكون بمثابة الحدود بين باهيا والضفة الغربية وولايتي بيرنامبوكو وألاغواس في الضفة الشرقية. وبعد ذلك، فإنه يشكل الحدود بين ولاية ألاغوس وولاية سيرجيبي ، ثم يصب في المحيط الأطلنطي. وبالإضافة إلى الولايات الخمسة التي يمر نهر ساو فرانسيسكو خلالها أو يحدها، فإن الحوض الذي يجري به يشتمل كذلك على وافد من ولاية غوياس والمقاطعة الفيدرالية.
وهو يعد بمثابة نهر هام للبرازيل، حيث يطلق عليه اسم «نهر التكامل الوطني» لأنه يوحد مناخات وأقاليم متعددة في الدولة، خصوصًا الجنوب الشرقي مع الشمال الشرقي. ويمكن الملاحة فيه بين مدينة بيرابورا (ميناس غيرايس) ومدينة جوازيرو (باهيا)، بالإضافة إلى بيرانهاس (آلاجواس) والمصب على المحيط، ولكن نقل الركاب بشكل تقليدي اختفى في السنوات الأخيرة بسبب التغييرات التي حدثت في تدفق النهر.