إن النظام البيئي الزراعي هو وحدة الدراسة الأساسية التي يحتاجها المختص في علم البيئة الزراعية، ويُعرف هذا المصطلح بشكل اعتباطي على أنه وحدة متماسكة مكانيًا ووظيفيًا من الأنشطة الزراعية، ويشمل العناصر الحية وغير الحية المشاركة في هذه الوحدة وكذلك التفاعلات الخاصة بها.
ويمكن النظر إلى النظام البيئي الزراعي باعتباره مجموعة فرعية من أي نظام بيئي معروف. وكما يوحي الاسم، يكمن النشاط البشري لـالزراعة في قلب النظام البيئي الزراعي. ومع ذلك، لا يقتصر النظام البيئي الزراعي على الموقع الفعلي للنشاط الزراعي فحسب (على سبيل المثال المزرعة), بل يضم كذلك المنطقة التي تتأثر بهذا النشاط، عادةً من خلال التغيرات التي تطرأ على التركيبة الخاصة بتجمعات الفصائل وتدفقات الطاقة، فضلًا عن التغيرات التي تطرأ على التوازن الغذائي. في المعتاد، يتميز النظام البيئي الزراعي، وبخاصة ذلك النظام الذي يُدار بشكل مكثف، باشتماله على تكوين أبسط للأنواع وكذلك تتميز تدفقات الطاقة والمواد الغذائية فيه بأنها أبسط من النظام البيئي «الطبيعي» &. وبالمثل، غالبًا ما ترتبط النظم البيئية الزراعية بزيادة مدخلات المواد الغذائية، حيث يخرج معظمها من المزرعة مما يؤدي إلى عدم المشاركة المباشرة لعملية التتريف الخاصة بالنظم البيئية ذات الصلة في الزراعة.