اتُّهِمت وكالة الاستخبارات الداخلية الباكستانية بالتورط بشكل كبير في أفغانستان في تشغيل برامج استخباريةٍ عسكريةٍ سريةٍ منذ مدة طويلة تسبق حتى الاجتياح السوفيتي لأفغانستان في عام 1979، وحدثت أولى تلك العمليات في عام 1975، وكانت انتقامًا للحرب التي تشنها أفغانستان ولدعمها الميليشيات المناهضة لباكستان، قبل تلك الواقعة لم تجرِ باكستان أي عمليات في أفغانستان وتلك العملية أتت ردًا على عقد كامل من انتهاكات أفغانستان ضد باكستان.
لاحقًا وفي ثمانينيات القرن المنصرم وفي خضم عملية سايكلون، كانت الاستخبارات الداخلية هي المسؤولة عن توزيع السلاح والمعونات المادية التي تقدمها الولايات المتحدة لفصائل المجاهدين الأفغان مثل فصائل قلب الدين حكمتيار وأحمد شاه مسعود، وبعد انسحاب الاتحاد السوفيتي من أفغانستان، تصارعت تلك الفصائل مع بعضها واندلعت حرب أهلية دامية مزقت البلاد، وخلال الأعوام بين 1992 و 1994 كانت الاستخبارات الداخلية والولايات المتحدة بالتعاون مع حكومة بنازير بوتو الداعم الأكبر لقوات حكمتيار في حربها ضد الدولة الإسلامية في أفغانستان.
بعد فشل حكمتيار في الوصول إلى السلطة عملت الاستخبارات الداخلية كما هو معروف على تأسيس حركة طالبان من أجل الوصول إلى الحكم ودعمتها ماديًا وسياسيًا وعسكريًا ولوجستيًا، واستمر الدعم حتى وقوع هجمات أيلول (سبتمبر)، ومن المعروف أيضًا أن الاستخبارات الداخلية قدمت ملجأً آمنًا لطالبان في داخل باكستان ودعمت تمردات طالبان في أفغانستان بعد وقوع الهجمات، ينكر المسؤولون الباكستانيون هذه التهم، لكن مسؤولين دوليين ومحللين سياسيين بل وحتى عسكريين باكستانيين أثاروا مزاعم حول توفير الدعم واللجوء لحركة القاعدة من قبل الاستخبارات الداخلية وبالاشتراك مع القيادة العسكرية، وتزايدت هذه الاتهامات بشكل كبير بعد قتل زعيم القاعدة أسامة بن لادن في مدينة آبوت باد الباكستانية.