نزاع لاجئي غرب بابوا في أوائل عام 2006م اندلعت ضجة في إندونيسيا بسبب قرار الحكومة الأسترالية منح تأشيرات حماية مؤقتة لـ 42 من طالبي اللجوء في غرب بابوا. تسبب الجدل في توترات دبلوماسية، فضلا عن «حرب الرسوم الكاريكاتورية»، حيث تعرضت الصحف في إندونيسيا وأستراليا لضربات تجارية بشأن قرار يقول الإندونيسيون إنه يشكك في السيادة التي يتمتعون بها رسميا على غرب بابوا.
سبب هذه المشكلة قررj الحكومة الأسترالية من خلال إدارة الهجرة للسماح بتأشيرات دخول 42 لاجئًا وصلوا في يناير. جزء من القلق الإندونيسي يعتمد على السرعة التي تم بها معالجة طالبي اللجوء هؤلاء حيث تم معالجة اثنين وأربعين في غضون شهرين فقط، مع الموافقة على طالب اللجوء المتبقي في منتصف أبريل. اعتبرت الحكومة الإندونيسية هذه الخطوة بمثابة تحد مباشر، واستنتجت أن الموافقة على تأشيرات الحماية المؤقتة تشير إلى أن الحكومة الأسترالية اتفقت مع سكان بابوا الغربية على أنهم سيواجهون الاضطهاد إذا عادوا إلى ديارهم.