تتكون النباتات (بالإنجليزية: Flora) في إندونيسيا من العديد من الأصناف الفريدة من النباتات الاستوائية. بفضل مناخها الاستوائي وامتلاكها لما يقرب من 17,000 جزيرة، تُعد إندونيسيا الدولة ذات ثاني أعلى مستوى من التنوع البيولوجي في العالم. تعكس نباتات إندونيسيا مزيجاً من السلالات الآسيوية والأسترالاسية والسلالات الإندونيسية الفريدة؛ ويعود ذلك إلى موقع إندونيسيا الجغرافي الواقع بين القارتين المذكورتين.
يتكون الأرخبيل من مناطق متنوعة، بدءاً من الغابات الاستوائية المطيرة في الأراضي المنخفضة الشمالية والغابات الموسمية في الأراضي المنخفضة الجنوبية، مروراً بنباتات التلال والجبال، وصولاً إلى الشجيرات في المناطق شبه الألبية. ونظراً لامتلاكها ثاني أطول خط ساحلي في العالم، تضم إندونيسيا أيضاً العديد من المستنقعات وأنواعاً متنوعة من النباتات الساحلية. وتجتمع كل هذه العوامل لتخلق تنوعاً نباتياً هائلاً.
هناك حوالي 28,000 نوع من النباتات المزهرة الموثقة في إندونيسيا، بما في ذلك 2500 نوع من الأوركيد، و122 نوعاً من الخيزران، وأكثر من 350 نوعاً من الرتان (الخيزران الهندي)، و400 نوع من الأشجار مجنحة الثمر، بما في ذلك الأبنوس وخشب الصندل وخشب الصندل.
تُعد إندونيسيا أيضاً موطناً لبعض الأنواع غير العادية من النباتات الآكلة للحوم. أحد الأنواع الاستثنائية يُعرف باسم رافليسيا أرنولدية، وسُمي على اسم سير توماس ستامفورد رافلز والدكتور توماس أرنولد، اللذين اكتشفا الزهرة في أعماق بينغكولو، جنوب غرب سومطرة. يمتلك هذا النبات الطفيلي أكبر زهرة بين جميع النباتات، ولا ينتج أوراقاً، وينمو فقط على نوع واحد من النباتات المتسلقة (Liana) في أرضية الغابة المطيرة. ومن النباتات غير العادية الأخرى نبات أمورفوفالوس تايتانيوم من سوماترا. كما يمكن العثور على أنواع عديدة من نباتات الإبريق الصائدة للحشرات (Nepenthes spp.) في بورنيو وسومطرة وجزر أخرى في الأرخبيل الإندونيسي. وهناك رقم مذهل يصل إلى 6000 نوع من النباتات الطبية التقليدية المستخدمة في صناعة الجامو.