الموسم الثاني من ناروتو فقد قام بإنتاجه إستديو بيرو بالمشاركة مع تلفزيون طوكيو، وقام بإخراجه هاياتو داتيه. وتتحدث قصته عن الفريق السابع الذي يخضع لاختبار الشونين، وتعرض القرية للغزو. أُذيع الموسم الثاني من ناروتو في اليابان لأول مرة في 12 نوفمبر 2003 حتى 8 سبتمبر 2004 على تلفاز تلفاز طوكيو. جمعت سوني بيكتشرز إنترتينمنت الحلقات في مجلدات دي في دي وصل عددها إلى 12 مجلد باسم «المرحلة الثانية»، ابتداءً من 1 يناير وحتى 1 ديسمبر 2004. بدأ عرض الموسم الثاني على سبيس باور من 20 أبريل 2010 (استكمالاً للجزء الثاني الذي بدأ من الحلقة 53) وحتى 8 فبراير 2011 (الحلقة 100) ولكن حسب ترتيب الأجزاء العربية استمر عرضه حتى الحلقة 104.
يحتوي الموسم على 6 شارات موسيقية في النسخة اليابانية: شارتا بداية و4 شارات نهاية. شارة البداية الأولى هي "الحزن في اللطف" (悲しみをやさしさに، كاناشيمي أو ياساشيسا ني) من أداء ليتل باي ليتل، والتي اِستُخدِمت حتى الحلقة 80، والشارة الثانية هي «انطلق!!!» (GO!!!) من أداء فلو للحلقات المتبقية. شارة النهاية الأولى هي «فيفا روك» (Viva Rock) من أداء أورانج رينج، وظلت مُستخدَمة حتى الحلقة 64، ليحل محلها «حي» (Alive) من أداء رايكو، وبدورها استمرت من الحلقة 65 وحتى الحلقة 80، ثم تبعتها "عدة مرات من قبل" (今まで何度も، إما مادي ناندو مو) من أداء ماس ميسايل، والتي اِستُخدمت من الحلقة 81 وحتى الحلقة 96، ولتأتي أخيرًا شارة "نيزك" (流星، ريوسيه) من أداء تيا، والتي اِستُخدمت في الحلقات المتبقية.