ميناء كيلينديني هو ميناء في مومباسا، كينيا. وهي بمثابة ميناء لمومباسا، حيث تمتد المناطق النائية إلى أوغندا. ميناء كيلينديني هو الجزء الرئيسي من ميناء مومباسا، وهو الميناء الدولي الوحيد في كينيا وأكبر ميناء في شرق إفريقيا. تدار من قبل هيئة الموانئ الكينية (KPA).
كيلينديني هو مصطلح سواحلي قديم يعني «عميق». ميناء كيلينديني هو مثال لظاهرة جغرافية طبيعية تسمى واد مغمور، تشكلت منذ ملايين السنين عندما ارتفع مستوى سطح البحر وابتلع نهرًا كان يتدفق من البر الرئيسي.