الميكروبيوم الجذري (ويسمى أيضًا ميكروبيوم ريزوسفير) هو التجمع الديناميكي للكائنات الحية الدقيقة المرتبطة بجذور النباتات. نظرًا لكونها غنية بمجموعة متنوعة من مركبات الكربون، فإن جذور النباتات توفر بيئات فريدة لتجميع الكائنات الحية الدقيقة المتنوعة في التربة، بما في ذلك البكتيريا والفطريات والعتائق. تختلف التجمعات الميكروبية داخل الجذر عن التي توجد في المحيط الجذري للنبات، وعن المجتمعات الميكروبية للتربة السائبة، على الرغم من وجود بعض التداخل في تكوين الأنواع.
الكائنات الحية الدقيقة المختلفة، المفيدة والضارة على حد سواء تؤثر على نمو وفسيولوجيا النباتات. الكائنات الحية الدقيقة المفيدة تشمل البكتيريا التي تثبت النيتروجين، وتعزز نمو النبات، والفطريات الجذرية (فصيلة)، والفطريات التي تتطفل على فطر آخر، والطفيليات الأولية، وبعض الكائنات الحية الدقيقة المكافحة الحيوية. تمتد الكائنات الحية الدقيقة المسببة للأمراض أيضًا إلى بعض البكتيريا والفطريات المسببة للأمراض وبعض الديدان الخيطية التي يمكن أن تستعمر الجذور. مسببات الأمراض قادرة على التنافس مع الميكروبات المحصِنة واختراق آليات الدفاع السليقية للنبات. بغض النظر عن الميكروبات التي تسبب الأمراض النباتية، هناك بعض البكتيريا المسببة للأمراض والتي يمكن أن تنتقل إلى البشر، مثل السلمونيلا، والإشريكية القولونية المنزفة للأمعاء ، بيركهولدرية بصلية، الزائفة الزنجارية، و ستينوتروفوموناس مالتوفيليا التي يمكن كشفها في الميكروبيوم المرتبط بالجذور وفي الأنسجة النباتية.
تؤثر الجراثيم الجذرية على كفاءة النبات المضيف وإنتاجيته بعدة طرق. يستفيد أفراد الميكروبيوم الجذري من السكريات النباتية أو الجزيئات الأخرى الغنية بالكربون. قد يتصرف الأعضاء بشكل منفرد في الميكروبيوم الجذري بالاقتران مع المضيفين النباتيين المختلفين، أو قد يغيرون طبيعة تفاعلهم (على طول سلسلة التبادل الطفيلي) داخل مضيف واحد كظروف بيئية أو حسب تغير صحة المضيف.
على الرغم من الأهمية المحتملة للميكروبيوم الجذري للنباتات والنظم البيئية، إلا أن فهمنا لكيفية تشكيل التجمعات الميكروبية الجذرية لا يزال في مهده. ويرجع ذلك جزئيًا إلى أنه حتى التطورات الحديثة في تقنيات التسلسل، كان من الصعب دراسة ميكروبات الجذر بسبب التنوع الكبير بين الأصناف، والعدد الكبير من الأنواع الخفية، وحقيقة أن معظم الأنواع لم يتم استرجاعها بعد في الثقافة. تشير الدلائل إلى أن العوامل الحيوية (مثل هوية المضيف وجار النبات) واللا حيوية (مثل بنية التربة وتوافر المغذيات) تؤثر على تكوين المجتمع.