ميدالية أوتو فاربورغ (الألمانية: Otto-Warburg-Medaille) هي ميدالية تمنحها سنويًا الجمعية الألمانية للكيمياء الحيوية والبيولوجيا الجزيئية (الألمانية: Gesellschaft für Biochemie und Molekularbiologie) تكريمًا للعلماء الذين أسهموا إسهامات مميزة في مجال الكيمياء الحيوية. سميت الميدالية تكريمًا لعالم وظائف الأعضاء الألماني الحاصل على جائزة نوبل أوتو فاربورغ، ومُنحت للمرة الأولى في الاحتفال بعيد ميلاده الثمانين في 8 أكتوبر 1963.
حتى سنة 2016، كان تسعة من العلماء الحائزين لميدالية أوتو فاربورغ قد حصلوا أيضًا على جائزة نوبل.