ميخائيل هوبنر (الألمانية: Michael Hubner) هو لاعب كرة قدم ألماني في مركز الدفاع، ولد في 12 أغسطس 1969 في ألمانيا الغربية. شارك مع منتخب ألمانيا الوطني لكرة القدم تحت 15 سنة ومنتخب ألمانيا تحت 16 سنة لكرة القدم ومنتخب ألمانيا تحت 17 سنة لكرة القدم ومنتخب ألمانيا تحت 18 سنة لكرة القدم ومنتخب ألمانيا تحت 21 سنة لكرة القدم ومنتخب ألمانيا الأولمبي لكرة القدم. أما مع النوادي، فقد لعب مع روت فايس آهلن وروت فايس إيسن ونادي بوخوم ونادي هامبورغ 08.