منطقة تومبوكتو (بامبارا: ߕߎߡߎߕߎ ߘߌߣߋߖߊ tr. توموتو دينيجا) هي إحدى المناطق الإدارية في مالي. تنقسم المنطقة إلى خمسة دوائر.
منطقة تومبوكتو هي جزء من شمال مالي تم فصله وإعلان استقلاله من قبل الحركة الوطنية لتحرير أزواد خلال تمرد الطوارق عام 2012. أثناء الصراع فقدت الحركة الوطنية لتحرير أزواد السيطرة على المنطقة لصالح الميليشيات الإسلامية.
تشتهر منطقة تومبوكتو على مستوى العالم بعاصمتها المدينة القديمة تمبكتو (بالفرنسية: تومبوكتو) بكونها وجهة بعيدة المنال ويصعب الوصول إليها بالنسبة للأوروبيين في القرن التاسع عشر.