منتخب جنوب السودان لكرة القدم (بالإنجليزية: South Sudan National Football Team) يمثل جنوب السودان في لعبة كرة القدم ويديره اتحاد جنوب السودان لكرة القدم الهيئة المنظمة لكرة القدم في جمهورية جنوب السودان .
كان يشرف على المنتخب المدرب الكوري الجنوبي لي سونغ جيا منذ عام 2014 حتى عام 2015، هذا المدرب دخل التاريخ بقيادته منتخب جنوب السودان للفوز بأول مباراة رسمية تقام في جنوب السودان بعد الفوز على منتخب غينيا الاستوائية ولذلك في سبتمبر 2015.