أُنشئ مكتب التحقيقات، الذي سُمي فيما بعد مكتب التحقيقات الوطني في 19 يونيو 1947، وهو تاريخ اعتماد قانون الجمهورية 157، وتعود بداياته إلى 13 نوفمبر 1936، عندما أُنشئ قسم التحقيق التابع لوزارة العدل بموجب قانون الكومنولث رقم 181 من قبل الجمعية الوطنية الأولى القسم، سي. إيه رقم 181 والذي ينص على ما يلي:«تُنشأ بموجب هذا القرار شعبة للتحقيق تابعة لوزارة العدل، وتتألف من موظفين بحسب الحاجة، وتكون مهامها المساعدة في الكشف عن الجرائم وملاحقتها، والحصول على السجلات الجنائية وجمعها وتصنيفها وحفظها، والحصول على معلومات حول جميع الأمور التي تؤثر على المصلحة العامة».كانت شعبة التحقيقات من بنات أفكار رئيس الكومنولث مانويل ل. كويزون ووزير العدل آنذاك خوسيه يولو.
تقدم أكثر من 3000 شخص للحصول على أول 48 وظيفة عملاء مكتب التحقيقات الوطني، أجريت الفحوصات الجسدية والطبية بواسطة أطباء من مستشفى الفلبين العام ومستشفى سان لازارو، ومن بين 3000 متقدم، سُمح لـ 150 فقط بإجراء الاختبار النفسي، ومن هذا العدد، نجح أقل من 100، وبعد المزيد من الفحوص، قُبل 48 شخصًا منهم، وعيّن فقط 45.
تشكلت شعبة التحقيقات رسميًا في عام 1937 وكانت مؤلفة من خمسة وأربعين عميلًا، وحوالي مئة موظف ومسؤول، من بينهم محامون وأطباء وكيميائيون وفنيو بصمات الأصابع ومصورون ومساعدو باحثين ومصممون ومراسلون.
كانت شعبة التحقيقات تعمل من مانيلا، حيث أُرسل الوكلاء والموظفون التقنيون إلى الأقاليم من وقت لآخر للتحقيق في جرائم المصلحة العامة.
بعد تحرير الفلبين من قبل القوات الفلبينية والأمريكية المشتركة في عام 1945، لم يُعاد تفعيل شعبة التحقيقات فورًا لأن معظم أعضائها الأصليين كانوا قد أُعيروا إلى الخدمة في فيلق مكافحة التجسس التابع لجيش الولايات المتحدة، وبعد استسلام اليابان في أغسطس 1945، أُعيد تنشيط شعبة التحقيقات واستدعاء الأعضاء الأصليين إلى الخدمة.
بدأت شعبة التحقيقات المعاد تنشيطها دون أي سجلات أو معدات، لأن معظمها دُمر بشكل منهجي من قبل موظفي شعبة التحقيقات لأسباب أمنية لمنع الوثائق والمعدات السرية من الوقوع في أيدي اليابانيين.