تتخذ مؤسسات الاتحاد الأوروبي السبع من أربع مدن مختلفة مقرات لها، وهي بروكسل، وفرانكفورت، ولوكسمبورغ، وستراسبورغ، عوضًا عن تركزها في عاصمة واحدة. وتتوزع وكالات الاتحاد الأوروبي وهيئاته الأخرى على جميع أنحاء الاتحاد، ولكن مقراتها غير دائمة بموجب المعاهدات. تُعتبر مدينة لاهاي الاستثناء الوحيد، كونها المقر الدائم لمكتب الشرطة الأوروبية (يوروبول). وعلى مر السنين، أصبحت بروكسل المقر الرئيسي، بالنظر إلى اتخاذ المؤسسات الرئيسية والمجلس الأوروبي حاليًا من المدينة مقرًا كليًا أو جزئيًا، وهو ما أدى إلى اشتهارها شعبيًا باسم «عاصمة الاتحاد الأوروبي».
مثّلت المقرات محل نزاع سياسي بسبب إخفاق دول الاتحاد في البداية في الاتفاق بشأنها عند تأسيس الجماعة الأوروبية للفحم والصلب في العام 1952. وبالرغم من ذلك، وصلت الدول الأعضاء في الاتحاد إلى اتفاق نهائي في العام 1992 أُلحِق فيما بعد بمعاهدة أمستردام.
ومع هذا، فما يزال مقر البرلمان الأوروبي مسألة مثيرة للجدل. يتوزّع عمل البرلمان بين بروكسل، ولوكسمبورغ، وستراسبورغ، وهو ما يُعتبر معضلة بسبب العدد الكبير من الأعضاء في البرلمان الأوروبي، والموظفين، والوثائق التي يتوجب نقلها. نظرًا لكون المقرات الرئيسية منصوصٌ عليها في معاهدات الاتحاد الأوروبي، فلا يحق للبرلمان أن يحدد مكان مقرّه، على عكس الحال في البرلمانات المحلية.
إضافة إلى ما سبق، لا يخلو تحديد مقرات الهيئات الجديدة من استثارة الخلافات السياسية. اقتضت الضرورة أن يرمز مقر البنك المركزي الأوروبي إلى استقلاله عن الهيمنة السياسية، وهكذا فقد استقرّ في مدينة لا توجد فيها حكومة محلية أو مؤسسة أوروبية. ومنذ العام 2004، بدأ الاتحاد بإقامة وكالات جديدة في أوروبا الشرقية لتحقيق حالة من التوازن في توزيع الوكالات عبر الاتحاد الأوروبي.