مقام الخضر من مباني بغداد الأثرية، ويقع في جانب الكرخ، ويطل على ضفاف نهر دجلة، في محلة خضر الياس، وكان المبنى في السابق مدرسة قديمة بناها الشيخ محمد أمين السويدي عام 1239هـ/1823م، وكانت قبل ذلك محلاً لسكناه، تم تحويلها إلى مسجد في عام 1947م، وبناؤه بسيط من مادة الطابوق والآجر، وتعلوه قبة صغيرة مطلية بالدهان الأزرق الفاتح، ويرتاده الكثير من الناس لتقديم النذور، ويزداد عدد الزوار للمقام يومي الأثنين والخميس، وتبدأ تقاليد الزيارة بالصلاة وايقاد الشموع التي تثبت على قطعة من الخشب أو جسم يطفو فوق مياه نهر دجلة، ويعد هذا من التقليد الذي يقوم به العوام من الناس قديماً.
ولقد قامت وزارة الاوقاف والشؤون الدينية في العراق بتعمير المسجد وتجديد بنيانه.