مقاطعة جوبا هي منطقة إدارية في ولاية وسط الاستوائية بجنوب السودان. وهي أكبر مقاطعة في وسط الاستوائية وواحدة من أكبر المقاطعات في منطقة الاستوائية. مقرها الإقليمي هو جوبا، العاصمة الوطنية لجنوب السودان.
بلغ عدد سكانها وفقًا لتعداد عام 2008 الذي أجراه السودان قبل استقلال جنوب السودان 372413 نسمة.
المفوض الحالي لمقاطعة جوبا هو الأستاذ إيمانويل. قام الرئيس سلفا كير ميارديت بتعيينه بموجب مرسوم جمهوري جزءًا من حكومة الوحدة الوطنية الانتقالية المُعاد تنشيطها.