معهد روبرت كوخ (بالألمانية: Robert Koch-Institut) هو وكالة اتحادية مستقلة في ألمانيا تُعنى بالأمراض المعدية وغير المعروفة. وهو مؤسسة للصحة العامة، ويعد من المؤسسات البحثية الرئيسية في ألمانيا. يقع مقر المعهد في ڤيدنج، برلين. والمعهد يتبع وزارة الصحة الاتحادية الألمانية وسُمي باسم عالم الميكروبيولوجيا الألماني روبرت كوخ.
أصبح المعهد محل اهتمام ومتابعة وسائل الإعلام والشعب الألمانيين خلال جائحة فيروس كورونا؛ إذ كان مكونًا رئيسيًّا في مكافحة الجائحة. وُصف بأنه المؤسسة المرجعية المسؤولة عن تقييم مخاطر الفيروس في ألمانيا.