معهد الزيتون أو مدرسة الزيتون الإسلامية الداخلية (بالإندونيسية: Pondok Pesantren Al-Zaytun) هو بيسنترين يقع في منطقة إندرامايو، جاوة الغربية. تعد هذه المدرسة الإسلامية الداخلية أحد مشاريع مؤسسة المعهد الإندونيسي، والتي بدأ بناؤها في 13 أغسطس 1996. عُقد الافتتاح الأول للدروس في 1 يوليو 1999، بينما أقيم الافتتاح العام في 27 أغسطس 1999 على يد الرئيس الثالث لإندونيسيا، يوسف حبيبي.
وصفت صحيفة واشنطن تايمز (29 أغسطس 2005) هذه المدرسة بأنها "أكبر مدرسة إسلامية في جنوب شرق آسيا". يمتد المعهد على مساحة 1200 هكتار. وسُجل في عام 2011 وجود حوالي 7000 طالب يدرسون فيه، ينتمون إلى مناطق مختلفة في إندونيسيا ومن الخارج مثل ماليزيا، سنغافورة، تيمور الشرقية، وجنوب إفريقيا. كما يُعرف المعهد بشكل أساسي بسبب الجدل المثار حول قائده بانجي غوميلانج، والعلاقة المزعومة بين المعهد وحركة دار الإسلام (إندونيسيا).