كانت معركة سان دومينغو واحدة من الحروب النابليونية البحرية التي خيضت بتاريخ 6 فبراير 1806 بين أسراب من السفن الفرنسية والبريطانية الخطية على الساحل الجنوبي للمستعمرة الإسبانية المحتلة فرنسيًا، القبطانية العامة لسانتو دومينغو (التي تعرف اليوم بالإنجليزية البريطانية باسم سان دومينغو) في منطقة الكاريبي.
تمكنت السفن الإنجليزية من الاستيلاء على جميع السفن الفرنسية الخطية الخمس التي كانت بقيادة الأدميرال كورونتان أوغبان دو ليسيج أو تدميرها. لم تفقد البحرية الملكية بقيادة الأدميرال، السير جون توماس داكويرث أيًا من سفنها، ولم تخسر سوى مئة قتيل من جنودها، في الوقت الذي خسرت فيه القوات الفرنسية ما يقرب من 1500 رجل، فيما لم يتمكن سوى بضعة مقاتلين فرنسيين من الفرار من ساحة المعركة.
كانت معركة سان دومينغو آخر معركة أسطول بحري تخاض خلال الحرب بين السفن الفرنسية والبريطانية الرئيسية في المياه المفتوحة.