بعد الهزيمة في معركة فاغرام، تراجع الأرشيدوق تشارلز شمالاً إلى بوهيميا على أمل إعادة تجميع قواته المهزومة. كما عانى الجيش الفرنسي أيضًا في المعركة ولم يقم بملاحقة فورية. ولكن بعد يومين من المعركة، أمر نابليون قواته بالتوجه شمالاً بهدف هزيمة النمساويين مرة واحدة وإلى الأبد. وفي نهاية المطاف تمكن الفرنسيون من اللحاق بالنمساويين في زنايم (زنويمو، جمهورية التشيك حاليًا) في 10 يوليو 1809.
عندما أدركوا أنهم غير قادرين على خوض معركة، اقترح النمساويون وقف إطلاق النار بينما ذهب الأرشيدوق تشارلز لبدء مفاوضات السلام مع نابليون.ومع ذلك، رفض المارشال أوغست دو مارمون الالتزام بوقف إطلاق النار وأرسل فيلقه الحادي عشر الذي يبلغ عدده نحو 10 آلاف رجل إلى المعركة. وبما أن مارمون كان يتفوق عليه عدديا بشكل كبير، لم يكن أمام أندريه ماسينا خيار سوى دعمه. بحلول 11 يوليو، انضمت قوات ماسينا إلى قوات مارمون في المعركة، لكن النمساويين عززوا أيضًا مواقعهم حول بلدة زنايم. بعد يومين من القتال غير المجدي، ومع تعرض كلا الجانبين لخسائر مماثلة وعدم حصول أي طرف على أي ميزة، وصل نابليون أخيرًا بأخبار الهدنة وأمر مارمون بإنهاء المعركة. كانت معركة زنايم آخر معركة بين النمسا وفرنسا في حرب التحالف الخامس.