معبد خنوم هو معبد مصري قديم في مدينة إسنا في محافظة الأقصر بصعيد مصر، على بعد حوالي 55 كيلومترًا جنوب الأقصر. كان يحمل الاسم المصري القديم حوت خنمو («بيت خنوم»). الجزء الوحيد الباقي من المعبد هو برونوس، دهليز المعبد الفعلي. القاعة مدعمة بـ 24 عمودًا وبسقف سليم، وتقع في وسط المدينة على نهر النيل، على بعد 200 متر غرب ضفة النهر.
تم تكريس معبد خنوم إلى المعبود المصري القديم خنوم، والذي كان بمثابة الخالق لكل من الرجال والمعبودات. في تجسيده باعتباره خنوم حابي، أعاد إحياء ينابيع النيل كل عام لإحداث فيضان النيل. بالإضافة إلى ذلك، تم تعبد زوجته منهيت وإلهة المدينة نيبتو والآلهة حكا ونيت. يقع المعبد المكشوف على ارتفاع تسعة أمتار تحت مستوى الشارع في مدينة إسنا في منخفض محفور. تؤدي السلالم إلى مدخل المعبد. تعود أجزاء المعبد الظاهرة اليوم إلى العصر البطلمي والروماني.