معبد آتون الصغير هو معبد لآتون يقع في مدينة تل العمارنة المصرية القديمة. إنه أحد المعبدين الرئيسيين في المدينة، والآخر هو معبد آتون الكبير. يقع بجوار بيت الملك وبالقرب من القصر الملكي في الجزء المركزي من المدينة. يُعرف في الأصل باسم حوت-آتن أو قصر آتون، ربما تم بناؤه قبل المعبد الكبير الأكبر. تم العثور على تصويرها المعاصر الوحيد في قبر توتو (العمارنة قبر 8). مثل المباني الأخرى في المدينة، تم تشييده بسرعة، وبالتالي كان من السهل تفكيك المواد وإعادة استخدامها للبناء في وقت لاحق.
تم حفره لأول مرة في عام 1931 من قبل جمعية استكشاف مصر.