قد يواجه الأشخاص من المثليين والمثليات ومزدوجي التوجه الجنسي والمتحولين جنسياً (اختصاراً: LGBT) وخاصة الرجال في السلفادور تحديات قانونية لا يواجهها غيرهم من المغايرين جنسيا. يعتبر النشاط الجنسي المثلي بين الرجال وبين النساء قانونيا، لكن المنازل التي يعيش فيها الشركاء المثليون غير مؤهلة للحصول على نفس الحماية القانونية المتاحة للأزواج المغايرين.
يواجه المثليون جنسياً في السلفادور معدلات عالية من العنف والقتل. تم الإبلاغ عن حوالي 500 جريمة كراهية ضد المثليين في الفترة ما بين 1998 و 2015. ورداً على ذلك، أقر المجلس التشريعي قانونًا ينص على عقوبات بالسجن لمثل هذه الجرائم التي تحض على الكراهية. لكن التمييز لا يزال واسع الانتشار. في عام 2018، وافقت الحكومة على سياسة جديدة، تسمح للأشخاص من مجتمع المثليين بتقديم شكاوى قانونية عند التمييز ضدهم.