مضاد الميكروبات الشرجي هو مضاد جراثيم للاستخدام ضمن المستقيم. غالبًا ما يكون هذا المنتج عبارة عن هلام موضعي يتم إدخاله في فتحة الشرج فيكون بمثابة حماية ضد الإصابة بالأمراض المنقولة جنسيًا أثناء ممارسة الجنس الشرجي.
بالإضافة إلى مضادات الميكروبات المهبلية، تعد مضادات الميكروبات الشرجية حاليًا هدف البحث الطبي الرئيسي حول مبيدات الميكروبات المستخدمة للأمراض المنقولة جنسيًا، لتحديد الظروف التي توفر ضمنها الحماية ضد العدوى بالإضافة إلى درجة هذه الحماية.
في حالات أقل شيوعًا، قد تُستخدم مضادات الميكروبات الشرجية لأغراض أخرى؛ مثلًا، يمكن استخدامها لعلاج بعض الحالات الطبية كما تُستخدم التحاميل.