مصلحة الموانئ والنقل البحري هي جهة حكومية ليبية تأسست بموجب القرار رقم (81) لسنة 2008، وتتمتع بالشخصية الاعتبارية والذمة المالية المستقلة، وتتبع وزارة المواصلات. تتولى المصلحة الإشراف على شؤون النقل البحري في ليبيا، وتطبيق التشريعات الوطنية والاتفاقيات الدولية ذات العلاقة، بما في ذلك الاتفاقيات الصادرة عن المنظمة البحرية الدولية (IMO)، خاصةً تلك المتعلقة برقابة دولة العلم (FSI) ورقابة دولة الميناء (PSC)، إلى جانب مهام مراقبة التلوث البحري وحماية البيئة البحرية.
وتضطلع المصلحة بمسؤولية إدارة وتشغيل الموانئ التجارية في ليبيا، من خلال التعاقد مع شركات متخصصة في المناولة، التخزين، والخدمات البحرية. كما تتولى جباية الرسوم والعوائد المرتبطة بالسفن والبضائع، وتعمل على تطوير البنية التحتية للموانئ الليبية، نظراً لموقع البلاد الجغرافي الاستراتيجي، بما يسهم في تأهيلها لتكون منافسة للموانئ العالمية.
كذلك تُشرف المصلحة على الموانئ النفطية، الأرصفة، والمنصات البحرية، في إطار تنظيم شامل لحركة الملاحة البحرية وتطوير قطاع النقل للميناء البحري الوطني.