مصطفى افندي تلقى تعليمه الأولي في مدينة حلفا ثم أكمل الثانوي بكلية غردون (التي تأسست في عام 1902 م لتعليم المراحل الابتدائية واضيفت اليها المرحلة الثانوية عام 1908م وصارت فيما بعد جامعة الخرطوم) ثم ذهب إلى المملكة المصرية وتم قبوله والتحق بالمدرسة الحربية سنة 1918.
كان السودان في ذاك الوقت يحكمه الحكم الثنائي. وتخرج في المدرسة الحربية بالمملكة المصرية سنة 1920 حائزا على درجات عالية جدا وأداء متميز. فنال أعجاب كل قادة المدرسة الحربية. ذلك جعله يتخرج حائزا على المرتبة الأولى على الدفعة التي تضم عدد قليل من السودانيين وكثير من الطلبة الحربيين المصريين.
ثم منح سيف الشرف (الذي نحت عليه اسمه وتاريخ تخرجه) وتم تصنيع هذا السيف بلندن، اهدي (مصطفى افندي) ذلك السيف يوم تخرجه في سنة 1920.
وكان في ذلك الوقت تنسيق بين المملكة المصرية والإنجليز باستيعاب عدد قليل جدا من السودانيين للانضمام للمدرسة الحربية المصرية ومدرسة الخرطوم الحربية بالتنسيق بين المدرستين الحربيتين بمصر والسودان. على ان يتعين خريجي المدرسة الحربية المصرية من السودانيين بعد تخرجهم بقوات دفاع السودان. على ان يعملوا لمدة عامين تحت مسمى تجربة الأداء. ثم بعد اجتياز تجربة الأداء تتم اجازتهم كضباط برتبة ملازم ثاني.
لكن مصطفى افندي الذي نال اعجاب القادة بالمدرسة الحربية بالمملكة المصرية واظهر أداء مميز.
تم تعيينه برتبة ملازم ثاني مباشرة في جيش المملكة المصرية وذلك في بداية عام 1921. وابتعاثه إلى حامية كسلا ليعمل هناك ضمن وحدات الجيش المصري التي تعمل في اجزاء متفرقة من السودان ويشغلها ضباط مصريين.
عمل مصطفى أفندي في حامية كسلا (الهجانة) منذ بداية العام 1921. رجع في اجازة قصيرة ليتزوج في عام 1922 من السيدة فاطمة أحمد صادق. ثم ذهب هو وزوجته إلى كسلا حيث انجبا أكبر ابناءهما محمد الحسن في العام 1923.
ثم واصل مصطفى افندي عمله كضابط برتبة ملازم تاني في حامية كسلا حتى منتصف عام 1924. حيث ظهرت جمعية اللواء الابيض السرية التي اسسها كل من (الضابط علي عبد اللطيف وعبيد حاج الأمين وأخرون) التي ضمت 150 عضوا من السودانين والاف المناصرين السودانيين وعدد من الضباط المصريين المناصرين لهذه الجمعية.