تُشير مشكلة المئة ألف سنةٍ في نظرية ميلانكوفيتش للتأثير المداري إلى وجود تناقضٍ بين سجل درجات الحرارة الجيولوجية المُعاد بناؤه وكمية الإشعاع الشمسي الوارد المُعاد بناؤها، أو مقدار التشمس خلال ال800,000 سنةٍ الماضية. نتيجةً للاختلافات في مدار الأرض، فإنَّ مقدار التشمس يختلفُ بفتراتٍ تتراوح من حوالي 21,000 و40,000 و100,000 و400,000 سنة. تُحدثُ التغيرات الحاصلةُ في كمية الطاقة الشمسية تغيراتٍ في مناخ الأرض، كما تُعد عاملًا رئيسيًا في تحديد وقت بدء وإنتهاء الفترات الجليدية.
على الرغم من وجود دورة ميلانكوفيتش على مدى مئة ألف سنةٍ، وهي مُتعلقةٌ بالانحراف المداري للأرض، إلا أنَّ مساهمتها في تنوع التشمس يكون أصغر بكثيرٍ من مساهمة المداورة والميلان. تُشير مشكلة المئة ألف سنةٍ إلى عدم وجود تفسيرٍ واضحٍ لدورية العصور الجليدية عند لمئة ألف سنةٍ تقريبًا على مدى المليون سنةٍ الماضية، ولكن لم تكن قبل ذلك، عندما كانت الدوريةُ السائدة هي 41,000 سنة. يُعرف الانتقال غُير المبرر بين النظامين الدوريين بانتقال البليستوسين الأوسط، والذي يعود إلى حوالي 800,000 سنةٍ ماضية.
تُوجد مُشكلةٌ أخرى تُعرف بمُشكلة الأربعمئة ألف سنةٍ، وهي تُشير إلى عدم وجود دوريةٍ في الأربعمئة ألف سنة بسبب الانحراف المداري في سجل درجات الحرارة الجيولوجية على مدى 1.2 مليون سنة الماضية. يُمكن الآن إعادة إحداث الانتقال الدوري من 41,000 سنة إلى 100,000 سنة باستعمال المُحاكاة العددية التي تتضمن اتجاهًا تنازليًا في ثنائي أكسيد الكربون مع إزالةٍ مستحثة جليديًا للحطام الصخري.