مشروع ميكروبات الأرض (بالإنجليزية: Earth microbiome project) هو مبادرة أسسها روب نايت عام 2010 لجمع عينات طبيعية وتحليل المجتمع الميكروبي في جميع أنحاء العالم.
تُعد الميكروبات وفيرة للغاية ومتنوعة ولها دور مهم في النظام البيئي فعلى سبيل المثال: يحتوي المحيط على ما يقدر بـ 1.3 × 10 28 خلية بدائية، 3.1 × 10 28 خلية بكتيرية، و 1 × 10 30 جسيم حموي. يُقدر التنوع البكتيري -وهو مقياس لعدد أنواع البكتيريا في المجتمع- بحوالي 160 لكل مل من مياه المحيط و 6400-38000 لزراعة التربة، و 70 لكل مل من أعمال الصرف الصحي. حتى عام 2010 قُدِّرَ أن مجمل جهد تسلسل الحمض النووي البيئي العالمي قد أنتج أقل من 1 في المائة من إجمالي الحمض النووي الموجود في لتر من مياه البحر أو جرام من التربة، تُعد التفاعلات المحددة بين الميكروبات غير معروفة إلى حد كبير.
يهدف المشروع إلى معالجة ما يصل إلى 200000 عينة في حيوم مختلفة، وإنشاء قاعدة بيانات كاملة من الميكروبات على الأرض لتوصيف البيئات والنظم البيئية من خلال التركيب الميكروبي والتفاعل. باستخدام هذه البيانات يمكن اقتراح واختبار نظريات بيئية وتطورية جديدة.