مسجد خانقاه (بالأذرية: Xanəgah Məscidi) هو مسجد سابق ومعلم معماري تاريخي، يقع في قرية خانقاه بمقاطعة قوبا في أذربيجان.
اكتمل بناء المسجد في القرن التاسع عشر، وأُدرج ضمن قائمة المعالم التاريخية والثقافية غير المنقولة ذات الأهمية المحلية بموجب القرار رقم 132 الصادر عن مجلس وزراء جمهورية أذربيجان بتاريخ 2 أغسطس 2001.