مسجد بوترا (الملايوية: Masjid Putra) هو المسجد الرئيس في مدينة بوتراجاي بماليزيا. بدأ بناء المسجد عام 1997 واكتمل بعد عامين، ويقع في ساحة بوترا، بجوار بحيرة بوتراجاي الاصطناعيَّة.
بُني مسجد بوترا ذو القبة الوردية من الجرانيت الوردي، ويتكون من ثلاث مناطق رئيسية: قاعة الصلاة والصحن ومرافق تعليمية متنوعة وقاعات احتفالات. يتسع المسجد لحوالي 15,000 مصلٍّ في أي وقت.
توجه رئيس الوزراء مهاتير محمد إلى مسجد بوترا للصلاة في 25 يونيو 1999.