مسجد السيد (الفارسية: مسجد سید) هو مسجد ومدرسةٌ شيعيَّة اثنا عشريَّة، يقع في أصفهان ضمن محافظة أصفهان في إيران. بُني في أواخر القرن التاسع عشر، خلال العصر القاجاري، على يد المرجع الشيعي محمد باقر الشفتي، أحد أوائل علماء الدين الذين نالوا رتبة حجة الإسلام. المسجد نفسه نشط، ومع ذلك، اعتبارًا من يوليو 2024، لم يكتمل بناؤه، ولا تزال أعمال الترميم جارية.
أُضيف المسجد إلى قائمة التراث الوطني الإيراني في 20 يونيو 1958، وتديره وزارة التراث الثقافي والسياحة والصناعات التقليدية الإيرانية، ومنظمة الأوقاف والشؤون الخيرية، ومنظماتٌ أخرى.