مسجد السيد (بالفارسية: مسجد سید) هو مسجد ومدرسةٌ شيعيَّة اثنا عشريَّة، يقع في أصفهان ضمن محافظة أصفهان في إيران. بُني في أواخر القرن التاسع عشر، خلال العصر القاجاري، على يد رجل الدين الشيعي محمد باقر شفتي، أحد أوائل رجال الدين الذين نالوا رتبة حجة الإسلام. المسجد نفسه نشط، ومع ذلك، اعتبارًا من يوليو 2024، لم يكتمل بناؤه، ولا تزال أعمال الترميم جارية.
أُضيف المسجد إلى قائمة التراث الوطني الإيراني في 20 يونيو 1958، وتديره وزارة التراث الثقافي والسياحة والصناعات التقليدية الإيرانية، ومنظمة الأوقاف والشؤون الخيرية، ومنظماتٌ أخرى.