قد يشير مسجد الخضر إلى:
مسجد الخضر (القطيف) : هو مسجد يقع في الجنوب الشرقي لجزيرة تاروت، بمحافظة القطيف
مسجد الخضر (مصر) : إحدى قرى مركز الباجور التابع لمحافظة المنوفية في جمهورية مصر العربية
مسجد الخضراء (النجف) : أو مسجد الخضرة هو أحد مساجد النجف التاريخية والتراثية يعد من بين أقدم المساجد التي تأسست في المدينة،
مسجد الخضراء : وهو من مساجد العراق القديمة الأثرية الواقعة في محافظة البصرة
مسجد الخضيري : وهو مسجد يقع في مصر بقلعة الكبش بطولون