مسجد الخضر هو مسجد يقع في الجنوب الشرقي لجزيرة تاروت، بمحافظة القطيف. وقد بُني فوق تل جبلي يعتقد بأنه موقع وطأة قدم الرجل الصالح الخضر، وليس للخضر أي دور في إنشائه أو تشييده، وإنما بناه الناس وأسموه بالخضر تيمناً، ولكن يعتقد بعض الباحثين أن نسبة تسمية الخضر تعود إلى إن المفردة ذات صلة بدلالة تعني القِدم، فيقال مثلاً من أيام الخضر إشارة إلى قِدم الشيء، ولهذا يمكن اعتبار معنى تسمية المسجد هي المسجد القديم.
يعود تاريخ المبنى لعصر ما قبل الإسلام فكان منسكاً أو كنسية للمسيحيين النسطوريين قبل أن يتحول لمسجد بعد دخول الإسلام في القطيف. لا يعرف على وجه التحديد تاريخ تأسيسه أو متى تحول لمسجد.
شهد المسجد توسعتان مسجلتان كانت أولاها في عام 1952م، والأخرى في نوفمبر 2005م بجهد من أهالي المنطقة ليكون مركزاً إسلامياً، وتجاوزت تكلفة التجديد 10 ملايين ريال سعودي (حوالي 2.67 مليون دولار أمريكي) جُلها تبرعات من الأهالي. وابتدأت أعمال البناء في 6 آب/أغسطس 2007م، وافُتتح رسمياً في 19 آب/أغسطس 2019م بالرغم من عدم الانتهاء الكامل من عمليات البناء التي امتدت حوالي 13 عاماً ونَيف.