مسجد البخاري هو مسجد يقع في مدينة ألور ستار بولاية قدح في ماليزيا. يمثل المسجد المركز الروحي لـ "مجمع البخاري" الضخم، الذي يضم أيضاً جامعة البخاري الدولية ومركزاً طبياً.
أُنشئ المسجد بتكليف من مؤسسة البخاري الخيرية، وهي منظمة أسسها فاعل الخير الماليزي تان سري سيد مختار البخاري. يحمل المسجد نفس اسم مسجد مؤسسة البخاري، وهو المسجد الشقيق الموجود في العاصمة كوالالمبور والذي بنته المؤسسة نفسها بعد خمس سنوات.