مستنقعات مشار هي منطقة واسعة من الأراضي الرطبة تقع في ولاية أعالي النيل في جنوب السودان. وتختلف التقديرات المتعلقة بمساحتها؛ إذ قدّرت دراسة أُجريت عام 1950 مساحة المستنقعات بنحو 6,500 كيلومتر مربع. بينما قدّرت دراسة أُجريت عام 1980 مساحة المستنقعات الدائمة بنحو 8,700 كيلومتر مربع، يشكّل الغطاء العشبي والغابات ما يقارب 60% منها.
تتغذى المستنقعات بالمياه القادمة من خور مشار (وهو فرع متشعب من نهر بارو)، ونهر يابوس، ونهر داغا. كما تتلقى كميات إضافية من المياه خلال فترات ارتفاع المناسيب نتيجة الفيضانات المتسربة من نهر البيبور.
وتُصرَّف مياه المستنقعات عبر نهر أدار، وهو أحد روافد النيل الأبيض.