يُزعم أن وكالة المخابرات المركزية الأمريكية (سي آي أي) امتلكت علاقات مع تنظيم القاعدة بقيادة أسامة بن لادن ومقاتليه «الأفغان العرب» عندما قامت بتسليح جماعات المجاهدين لمحاربة الاتحاد السوفيتي خلال الحرب السوفيتية الأفغانية.
بدأت الولايات المتحدة في تقديم مئات الملايين من الدولارات سنويًا بالتزامن مع «الانتشار العسكري السوفيتي» في أفغانستان لمساعدة المتمردين الأفغان المجاهدين الذين يقاتلون الحكومة الماركسية الأفغانية والجيش السوفيتي في عملية الإعصار. بالإضافة إلى المجاهدين الأفغان الأصليين، كان هناك متطوعين مسلمين من بلدان أخرى أُطلق عليهم اسم «الأفغان العرب». كان أسامة بن لادن الأكثر شهرة من العرب الأفغان وكان معروفًا في ذلك الوقت بأنه سعودي ثري ورع قدم أمواله الخاصة وساعد في جمع الملايين من عرب الخليج الأثرياء.
وبعد انتهاء الحرب، نظم بن لادن تنظيم القاعدة لمواصلة الجهاد المسلح في أماكن أخرى وخاصة ضد الولايات المتحدة الأمريكية التي ساعدت في تمويل المجاهدين ضد السوفييت.
وقد وصف عدد من المعلقين هجمات القاعدة بأنها «ارتداد» أو نتيجة غير مقصودة للمساعدة الأمريكية للمجاهدين. وردًا على ذلك، نفت الحكومة الأمريكية ومسؤولو المخابرات الأمريكية والباكستانية المشاركين في العملية وصحفي واحد على الأقل (بيتر بيرجن) هذه النظرية. وأصروا على أن الحكومة الباكستانية قدمت المساعدة وأنها وصلت إلى الأفغان وليس المجاهدين الأجانب، وأنه لم يكن هناك اتصال بين العرب الأفغان (المجاهدين الأجانب) ووكالة المخابرات المركزية الأمريكية والمسؤولين الأمريكيين الآخرين، ناهيك عن التسليح والتدريب أو ترسيخ المذهبية.