مركز بحوث الصحراء هو مركز حكومي بحثي مصري يتبع وزارة الزراعة. وهو أقدم مراكز البحوث في مصر حيث افتتح رسمياً في 30 ديسمبر 1950 تحت اسم معهد فؤاد الأول للصحراء حتى صدر قرار رئيس الجمهورية رقم 90 لسنة 1990 بإنشاء مركز بحوث الصحراء كهيئة علمية لها الشخصية الاعتبارية تتبع وزير الإستصلاح الزراعي، وهو يختص بكل مايتعلق بالزراعة والمياه والإنتاج الحيوانى تحت الظروف الجافة وشبة الجافة.
ويقع المقر الرئيسي لمركز بحوث الصحراء في قصر الأمير يوسف كمال بالمطرية بالقاهرة.