صاغ جون يو بصفته نائب مساعد المدعي العام للولايات المتحدة مجموعة من المذكرات القانونية المعروفة باسم "مذكرات التعذيب" (والتي تعرف رسميًا باسم مذكرة بشأن الاستجواب العسكري للمقاتلين غير الشرعيين الأجانب المحتجزين خارج الولايات المتحدة) وصودق عليها في أغسطس/آب 2002 من قبل مساعد المدعي العام جاي بايبي، رئيس مكتب المستشار القانوني بوزارة العدل الأمريكية. وقد نصحوا وكالة الاستخبارات المركزية، ووزارة الدفاع الأمريكية، والرئيس بشأن استخدام تقنيات الاستجواب المعززة - التعذيب العقلي والجسدي والإكراه مثل الحرمان من النوم لفترات طويلة، والتقييد في أوضاع مجهدة، والتعذيب بالماء - وذكروا أن مثل هذه الأفعال، التي تعتبر على نطاق واسع بمثابة تعذيب، قد تكون مسموح بها قانونًا بموجب تفسير واسع للسلطة الرئاسية أثناء " الحرب على الإرهاب ".
وفي أعقاب التقارير عن فضيحة التعذيب وإساءة معاملة السجناء في سجن أبو غريب في العراق، سُربت إحدى المذكرات إلى الصحافة في يونيو/حزيران 2004. وكان جاك جولدسميث، رئيس مكتب المستشار القانوني آنذاك، قد سحب بالفعل مذكرات يو ونصح الوكالات بعدم الاعتماد عليها. بعد أن أجبر جولدسميث على الاستقالة بسبب اعتراضاته، أصدر المدعي العام أشكروفت رأيًا من فقرة واحدة يعيد تفويض استخدام التعذيب. ثم في ديسمبر/كانون الأول 2004، أكد رئيس آخر لمكتب المستشار القانوني الآراء القانونية الأصلية.
طلبت وكالة الاستخبارات المركزية في مايو/أيار 2005 آراء قانونية جديدة بشأن تقنيات الاستجواب التي تستخدمها. وفي ذلك الشهر، أصدر مكتب المستشار القانوني ثلاث مذكرات، وقعها ستيفن ج. برادبري، تحكم فيها بشأن شرعية التقنيات المعتمدة إذا اتبع الوكلاء قيودًا معينة. بالإضافة إلى هذه المذكرات التي أصدرها مكتب المستشار القانوني للوكالات التنفيذية، كُتبت مذكرات داخلية تتعلق باستخدام التعذيب في استجواب المعتقلين؛ على سبيل المثال، في عامي 2002 و2003، وقع دونالد رامسفيلد، وزير الدفاع، على عدة مذكرات تسمح بوضع "خطط استجواب خاصة" لمعتقلين محددين محتجزين في خليج جوانتانامو في محاولة للحصول على مزيد من المعلومات منهم.
وكانت المذكرات محط جدل كبير بشأن السلطة التنفيذية، وممارسات الحكومة، ومعاملة المعتقلين أثناء إدارة جورج دبليو بوش. وقد ألغى باراك أوباما هذه الأوامر في 22 يناير/كانون الثاني 2009، أي بعد يومين من توليه منصب الرئاسة.