مذبحة مانيلا، المُسماة أيضًا اغتصاب مانيلا، شملت مجموعة الأعمال الوحشية التي ارتكبتها القوات اليابانية ضد المدنيين الفلبينيين في مدينة مانيلا، عاصمة الفيليبين، خلال معركة مانيلا (3 فبراير 1945 – 3 مارس 1945) التي وقعت خلال الحرب العالمية الثانية. وصل العدد الإجمالي للمدنيين الذين قُتلوا خلال المعركة إلى نحو 100 ألف مدني.
كانت مذبحة مانيلا واحدةً من العديد من جرائم الحرب الكبرى التي ارتكبها الجيش الياباني الإمبراطوري، وفقًا لحكم المحكمة العسكرية في مرحلة ما بعد الحرب. حُمّل القائد العام الياباني تومويوكي ياماشيتا ورئيس أركان الجيش أكيرا موتو المسؤولية عن المذبحة وغيرها من جرائم الحرب في محاكمة بدأت في شهر أكتوبر من عام 1945. أُعدم ياماشيتا بتاريخ 23 فبراير عام 1946، وأُعدم موتو بتاريخ 23 ديسمبر عام 1948.