مدينة هرقليون (باليونانية: Ἡράκλειον)، وتعرف أيضا باسمها المصري ثونيس (Θῶνις)، وأحيانا تسمى ثونيس-هرقليون، كانت مدينة مصرية قديمة قرب الفرع الكانوبي من النيل، حوالي 32 كم شمال شرق الإسكندرية، تقع بقايا مدينة هرقليون حاليا في خليج أبي قير على بعد 2.5 كم من الشاطيء وعلى عمق 10 متر (30 قدم)، في أبو قير حيث يستكشف علماء الآثار المدينتين الغارقتين هرقليون وكانوبوس منذ عام 1992.
وبجانب كونها مركزًا دينيًا بارزًا، كانت مدينة هرقليون نقطة تجارية رئيسية على البحر المتوسط في القرن السادس قبل الميلاد.
المدينة الساحلية هرقليون كانت تسمى من قدماء المصريين «ثونس» أو «تاهونى» وكانت ميناءً هامًا لمصر على البحر المتوسط؛ وكانت توصف بأنها «مدخل بحر اليونانيين»، كما هو معروف من لوحة في ناوكراتيس وجدت في عام 1899.
عندما بدأ علماء الآثار الغوص في هذا الموقع في التسعينات من القرن الماضي، اكتشفوا أطلال معبد هرقليون الذي كان مخصصًا لآمون وهرقل-خونسو. كما عثروا أيضًا على تماثيل ضخمة للآلهة وللملوك البطالمة وزوجاتهم وآنياتهم وجواهرهم والعديد من السفن الخشبية المحطمة.
مدينة كانوبوس هي المكان الذي يعتقد أن الإلهة إيزيس عثرت فيه على آخر جزء من جسد أوزوريس المقطع بوحشية. ويؤمن قدماء المصريين طبقا لاسطورة إيزيس وأوزوريس أن أوزوريس قـُتل على يد أخيه الحقود «سيث» الذي نثر الأجزاء المقطعة من جثة أخيه في سائر أنحاء مصر.
وحسبما تقول الأساطير المصرية، نجحت إيزيس في العثور على القطع المنثورة ووضعتها في مزهرية وتم الاحتفاظ بها في مدينة كانوبوس.
ويشهد هذا الموقع، الذي يفخر بمئات من آنية الأمفورا اليونانية والرومانية، على الصلات التجارية والوطيدة بين مصر والإمبراطورية الرومانية. ولا عجب فقد فتح الإسكندر المقدوني مصر في عام332 قبل الميلاد، وحكمها البطالمة حتى عهد كليوباترا السابعة، ثم احتلها الرومان في عام 30 قبل الميلاد بعد هزيمة كليوباترا - وبقي الرومان في مصر حتى الفتح الإسلامي.
مدينة الإسكندرية والعديد من المنظمات غير الحكومية بالتعاون من منظمة اليونسكو تعمل في مشروع بناء متحف تحت الماء لعرض هذه الأشياء إلى العامة. ويمكن ترتيب رحلات الغوص الأثرية إلى موقع المدن الغارقة بأبي قير من خلال مركز غوص المنتزه بالإسكندرية (مركز الغوص الوحيد على الساحل الشمالي المعتمد لدى غرفة الغوص والرياضات المائية).