مدرسة غاوكوشان (بالأوزبكية: Govkushon madrasasi) هي أثر معماري يعود إلى القرن السادس عشر يقع في مدينة بخارى بأوزبكستان. شيدت المدرسة على يد شيوخ الجويبار، وهي جزء من "مجموعة خواجة غاوكوشان" المصنفة ضمن مواقع التراث الثقافي في أوزبكستان. بنيت المدرسة في المركز التاريخي لبخارى بين عامي 1562 و1565 في عهد الحاكم الشيباني عبد الله خان الثاني، وذلك على نفقة الخواجة سعد، شيخ الطريقة الجويبارية، والمعروف بلقب "خواجة كلان" (الخواجة الكبير).
يرتبط اسم "غاوكوشان" (والذي يعني حرفياً "ذباحو الثيران") بحقيقة أن الموقع كان يضم مسلخاً للماشية حتى القرن السادس عشر. وبعد بناء المدرسة بفترة وجيزة، شيد حولها ثاني مسجد للجمعة في بخارى، المعروف بمسجد الخواجة، والذي يضم حوضاً ومئذنة منخفضة تحاكي في تصميمها منارة كلان الشهيرة.