المحور الدماغي المعوي هو إشارة كيميائية حيوية تحدث ما بين القناة الهضمية والجهاز العصبي المركزي. يُستخدم مصطلح «محور دماغي معوي» أحيانًا للإشارة إلى دور الفلورا المعوية في هذا التفاعل، بينما يشمل مصطلح «محور دماغي معوي ميكروبيومي» بشكل أوضح دور الفلورا المعوية في أحداث الإشارة الكيميائية الحيوية التي تنشأ بين القناة الهضمية والجهاز العصبي المركزي.
من المعروف أن المحور الدماغي المعوي يشمل الجهاز العصبي المركزي بالإضافة إلى الجهازين العصبي الصماوي والعصبي المناعي، بما في ذلك المحور الوطائي النخامي الكظري، والفروع الودية واللاودية للجهاز العصبي الذاتي، الذي يشمل الجهاز العصبي المعوي والعصب المبهم والميكروبيوم المعوي. تُعد المرحلة العمودية للهضم أولى التفاعلات الدماغية المعوية الموضحة، عبر إطلاق مفرزات معوية وبنكرياسية استجابةً للإشارات الحسية، مثل شم الطعام ورؤيته. وقد عُرض هذا لأول مرة بواسطة بافلوف.
أثارت دراسة في عام 2004 الاهتمام حول هذا المجال، إذ أظهرت أن الفئران الخالية من الجراثيم (جي إف) قد أبدت استجابة محور «إتش بي إيه» كبيرة بالنسبة إلى الجهد مقارنةً بفئران المختبر الأخرى.
بدءًا من أكتوبر 2016، أُجري العمل المتعلق بدور الفلورا المعوية في المحور الدماغي المعوي بمعظمه على الحيوانات، أو عبر تمييز مختلف المركبات العصبية التي تنتجها الفلورا المعوية. كانت الدراسات التي أُجريت على البشر – قياس اختلافات الفلورا المعوية بين أشخاص يعانون من الحالات العصبية والنفسية المختلفة أو عند الضغط، أو قياس تأثيرات مختلف المعينات الحيوية (يُطلق عليها «المعينات الحيوية النفسية» في هذا السياق) – ضئيلةً بشكل عام ولم تُعمم إلا مؤخرًا. تبقى اختلافات الفلورا المعوية، فيما إذا كانت ناتجةً عن المرض أو مسببة له أو كليهما، في أي عدد من حلقات التغذية المحتملة للمحور الدماغي المعوي، غير واضحة.